La ville est également un point de départ idéal pour partir à la découverte du Haut-Doubs avec notamment :
- le lac St-Point (3ème lac naturel de France, à 15 mn) :
complexes nautiques de Malbuisson et des Grangettes - la réserve naturelle du Lac de Remoray (faune et flore)
- la vallée du Drugeon et tourbières de Frasne (15 mn)
- la station de Métabief Mont-d'Or (20 mn) : ski alpin
- les sources du Doubs et de la Loue et de la source Bleue
- les sites nordiques et alpins des Fourgs (15 mn), de Mouthe et de Chapelle-des-Bois
- le tremplin de saut à ski de Chaux-Neuve (35 mn)
- la vallée de la Loue et le pays d'Ornans
- la route de Morteau, l'abbaye de Montbenoît et le défilé d'Entreroches
... et de la Suisse voisine
La Suisse n'est qu'à 15 mn en voiture de Pontarlier :
- Le Val de Travers et Neuchâtel
- Lausanne et le lac Léman
- Vallorbe, ses grottes son musée du Fer et son parc à bisons.